Nous entendons moins parler du COVID19 (et plus du virus de la variole du singe), mais ce n’est pas terminé, le SARSCOV2 court toujours et même si les masques tombent, la prudence devrait rester le maitre mot. N’oublions pas les dégâts occasionnés par notre rencontre avec ce virus, à petite comme à grande échelle… et les mesures restrictives qui sont toujours en cours, par exemple en Chine et en Corée du Nord. De plus, il apparait que les vagues successives de variants se suivent à 6 mois d’intervalle (Nature 10 mai 2022: Are COVID surges becoming more predictable? https://www.nature.com/articles/d41586-022-01240-x), donc prudence et surveillance sont de rigueur. Le SARSCOV2 est toujours présent, il évolue et peut encore et toujours frapper.
Et il a déjà plus que frapper, avec ses millions de morts, certaines études donnent le nombre de 15 ou même 20 millions de morts (Nature 12 may 2022, True covid death toll could be more than double official count, vol 605 p206, https://media.nature.com/original/magazine-assets/d41586-022-01245-6/d41586-022-01245-6.pdf), ses Covids longs (centaine de millions) ou ses innombrables hospitalisations, il ne faudrait pas crier victoire trop tôt. A la mi-juillet 2022, on a dépassé le demi-milliard de personnes ayant contracté le virus (https://fr.statista.com/themes/6050/le-coronavirus-covid-19/). Même si la pandémie semble ralentir, il reste toujours les risques endémiques avec des régions touchées plus restreintes et des résurgences chroniques plus ou moins sévères.
Les risques de mutations nous font comprendre qu’il est indispensable de continuer à surveiller pour réagir le plus tôt possible à une nouvelle attaque de ce satané virus et de ses futurs copains. La vaccination régulière apparait de plus en plus comme une nécessité future. Des systèmes de soins adaptés aux crises à venir, sont à mettre en place ainsi que, plus simplement, la normalisation des mesures barrières comme le port du masque et la ventilation des espaces intérieurs. La mise en place de mesures de surveillance des eaux usées devraient faire partie de nos habitudes.
D’autre part, il faut tout faire pour limiter le risque de l’émergence de nouveaux virus et comme décrit dans un autre article de Nature (Nature 2022 May;605(7910):419-422, Want to prevent pandemics? Stop spillovers doi: 10.1038/d41586-022-01312-y, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35551284/ ), appliquer les 4 points suivants :
- Limiter la déforestation, en particulier les forêts tropicales et subtropicales
- Interdire les marchés de faunes sauvages (ou les contrôler pour les populations indigènes qui en vivent)
- Améliorer la surveillance vétérinaire des élevages (assurer le bien-être animal)
- Renforcer la sécurité sanitaire et économiques des populations plus susceptibles d’être confrontées à l’émergence d’un virus
Le coût de toutes ces actions est certainement moindre que le coût d’une nouvelle pandémie et assure un respect plus grand de l’environnement et de la biodiversité. Tout à gagner au final.
Mais pourquoi ce virus fait-il autant de ravages ? Quel est son mode de fonctionnement ? Que se passe-t-il à l’échelle cellulaire ?
Il s’agit encore et toujours de limiter les dégâts induits par le virus, soit de limiter sa diffusion et sa prolifération au sein de son hôte. Les vaccins permettent au système immunitaire de reconnaitre rapidement l’intru et de l’éliminer sinon lorsque le virus pénètre dans la cellule, il parasite ses mécanismes et l’empêche de fonctionner. Malheureusement, la porte d’entrée (récepteur ACE2 (Enzyme de conversion de l’Angiotensine 2)) qu’utilise le virus se retrouve sur un grand nombre de nos cellules situées dans les poumons, le cœur, les reins, le pancréas, etc bref de quoi faire des ravages. De plus, le SARSCOV2 semble pouvoir s’attaquer au cerveau en se propageant de cellule en cellule via des nanotubes d’actine (Tunneling NanoTubes, TNT), une forme de court-circuit qui évite au virus son passage par la membrane. Il pourrait ainsi remonter depuis l’épithélium olfactif de la cavité nasale jusqu’aux neurones sensoriels olfactifs du système nerveux central, c-à-d jusqu’au cerveau (SCIENCE ADVANCES 20 Jul 2022 Vol 8, Issue 29 DOI:10.1126/sciadv.abo0171)…
Pour rappel, le SARSCOV2 est un virus à ARN qui comptent 27 protéines :
- 4 structurelles : enveloppe (E), Membrane (M), Nucléocapside (N) et Spicule ou Spike (S)
- 16 (non-structurelles), liées à sa réplication (ARN réplicase, hélicase) : NSP1 à NSP16
- 7 accessoires: ORF.
Comment le virus rentre dans la cellule ?
Les excroissances, spicules ou spike qui couronnent le virus sont hautement flexibles et se fixent très fortement au récepteur ACE2 facilitant la fusion du virus avec la membrane de la cellule hôte. Les particules virales sont ainsi très facilement injectées à l’intérieur de la cellule. (Nature 595, 640-644 (2021) doi: https://doi.org/10.1038/d41586-021-02039-y) L’autre possibilité est l’utilisation de TNTs (voir ci-dessus).
Comment le virus se reproduit-il dans nos cellules?
Les particules virales parasitent toute notre machinerie et éliminent les mRNA (et donc les futures protéines nécessaires au fonctionnement de la cellule) qui ne seraient pas d’origine virale grâce à la reconnaissance d’un TAG viral et pour les nouveaux mRNA produits, les particules virales empêchent leur fixation sur les ribosomes (70% blocage), seule la traduction des RNA viraux est possible grâce aux ribosomes restant. Le virus bloque aussi la sortie du noyau des éléments qui pourraient alerter le système immunitaire. Ainsi, l’interféron ne semble plus être produit. Beaucoup de ces actions semblent être le fait de NSP1, qui est malheureusement une des premières protéines virales à être traduite et assemblée (Afsar et al. eLife 2022;0:e74877. DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.74877).
NSP8 et NSP19 bloquent la circulation des protéines, NSP16 modifie l’épissage. NSP14 une autre protéine virale semble jouer un rôle déterminant dans la réplication du SARS-COV2 et perturbe également l’épissage (Zaffagni et al. eLife 2022;11:e71945. DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.71945)
Les analyses des différentes protéines virales vont toujours bon train, si elles ciblent souvent une seule de ces protéines, il est aussi envisagé d’étudier leurs synergies en espérant toujours identifier un élément crucial que l’on pourrait cibler afin d’entraver la réplication du virus.
En bref, si le virus n’est pas bloqué très tôt, il a le temps de faire beaucoup de dégâts.
Comment le SARS-COV-2 une fois répliqué sort-il pour aller parasiter les autres cellules ?
Il emprunte une voie plus lente mais où il passe incognito, via les lysosomes (poubelles de nos cellules dont il modifie le niveau d’acidité). En bourgeonnant dans l’ER (Reticulum Endoplasmique), les protéines virales forment une membrane et pénètrent dans le lysosome pour sortir de la cellule. Son transfert dans un bain de protease furine, lui permet de se préparer à son entrée dans la cellule suivante par une voie, elle, plus rapide. Si la voie de sortie semble plus lente au départ, elle apparait extrêmement efficace pour envahir les autres cellules environnantes. Cette forme de passage pourrait même lui permettre de passer incognito d’une cellule à l’autre sans que notre système immunitaire puisse être informé…
Il semble qu’il utiliserait aussi (comme les autres coronavirus) l’appareil de Golgi (centrale de tri qui emballe les molécules dans des membranes afin de les distribuer dans la cellule et vers l’extérieur) Ce qui reste à vérifier, car le fait de limiter cette voie n’a pas d’effet sur la quantité de virus émis. Et, bien sûr, il y a les nanotubes d’actine qui offriraient une autre possibilité de sortie incognito pour le virus.
Donc: aération, contrôle, protection, prudence et vaccination sont toujours à l’ordre du jour alors que la recherche progresse pour mieux comprendre le fonctionnement de ce virus et mieux le combattre !
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