Non seulement, le SARS-COV-2 se multiplie allègrement en utilisant toutes les possibilités à sa portée, mais il détruit considérablement sur son passage.
Dans cet article « SARS-CoV-2 Disrupts Splicing, Translation, and Protein Trafficking to Suppress Host Defenses » publié dans Cell et daté du 25 novembre 2020 (https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.004), les effets de différentes protéines du virus sont discutés.
Parmi les 27 protéines forgées par le SARS-COV-2,
- 4 sont structurelles : enveloppe (E), Membrane (M), Nucléocapside (N) et Spicule ou Spike (S)
- 16 (non-structurelles), sont liées à sa réplication (ARN réplicase, hélicase) : NSP1 à NSP16
- 7 accessoires (leur rôle est moins clair) : ORF.
Les différents essais, publiés dans l’étude, ont visé à identifier quelles protéines virales interagissaient avec quelles protéines de la cellule de l’hôte, et comment elles limitaient ainsi des fonctionnalités nécessaires pour la défense de l’hôte. Nous traitons ici les NSP, les protéines structurelles, et en particulier la fameuse protéine S, seront traitées dans un autre article.
La protéine NSP16, en se fixant sur les petits ARN nucléaires U1 et U2, limite l’épissage des ARN messagers, ce qui empêche la finalisation de leur transcription. NSP1 se lie à une région de la petite sous-unité du ribosome (18S) et empêche la traduction de l’ARN messager en acides aminés. NSP8 et NSP9 se fixent sur une partie de la Particule de Reconnaissance du Signal (PRS, en anglais SRP (Signal Recognition Particule)) ce qui empêche l’adressage des protéines vers la membrane et interrompt leur sécrétion. Chacune de ces actions spécifiques sur des fonctions cellulaires essentielles, affecte la production globale d’Interféron de type I. Le virus utilise à ses propres fins la machinerie pour produire ses protéines. La réponse de l’hôte est défectueuse. La production d’interféron de type I peut ainsi caractériser l’évolution de la maladie. Tout retard apparait comme un mauvais pronostic et la durée de production ensuite qui devient incontrôlée, l’est encore plus.
Les auteurs mettent aussi en avant que ces dysfonctions ont lieu alors même que le virus n’a pas encore commencé sa réplication. Les protéines virales sapent la défense de l’hôte avant de s’installer de se multiplier et d’être identifiées. Et elles arrivent ensuite à échapper à la détection.
Ainsi, dans un autre article, daté du 10 décembre 2020, publié dans Cell, « β-Coronaviruses Use Lysosomes for Egress Instead of the Biosynthetic Secretory Pathway », (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33157038/) les auteurs se concentrent sur la sécrétion des nouveaux virus développés au sein de la cellule hôte. Les nouveaux virus n’utilisent pas la voie de sécrétion habituelle mais les lysosomes. Dans les cellules infectées, les enzymes protéolytiques sont désactivés et les lysosomes perdent leur acidité. Il s’en suit une perturbation de la préparation et présentation des antigènes.
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